Otsing sellest blogist

UUS!!!

Salumetsad

Blogi, mis räägib kõigest, mis on Leonhardile oluline ja/või huvitav. Kommenteerige, tellige, lugege, nautige ja õppige. Salumetsad Mine nav...

esmaspäev, 10. juuni 2024

Arhed

Blogi, mis räägib kõigest, mis on Leonhardile oluline ja/või huvitav. Kommenteerige, tellige, lugege, nautige ja õppige.

Arhed

Mine navigeerimisribaleMine otsikasti
Arhed
Halobacteria sp. koloonia, iga rakk on umbes 5 μm pikk.
Halobacteria sp. koloonia, iga rakk on umbes 5 μm pikk.
Taksonoomia
DomeenArhed Archaea
WoeseKandler & Wheelis, 1990

Arhed ehk ürgid (ladina keeles Archaea; on kasutatud ka nimetusi "arhead", "arhebakterid" ehk "ürgbakterid" (Archaebacteria) ja "metabakterid") on eluslooduse domeen ja ainuraksete mikroorganismide riik. Arhed on prokarüoodid, mis tähendab, et nende rakus puudub rakutuum ja teised membraaniga ümbritsetud organellid.

Esimesed arhede domeeni esindajad olid metanogeenid ja arvatakse, et selline metabolism peegeldab primitiivse Maa atmosfääri ja nende organismide iidsust.

Varem arvati arhed bakterite hulka ning kasutusel oli nimetus arhebakterid, kuid see klassifikatsioon on vananenud. Arhede rakkudel on unikaalsed omadused, mis eristavad neid bakteritest ja eukarüootidest.[1]

Esimestena avastatud ning siiani tuntuimad arhed elavad äärmuslikes elukeskkondades. Neid nimetatakse ekstremofiilideks. Näiteks termofiilsed ehk kuumalembesed arhed elavad kuumaveeallikates, kus veetemperatuur võib ulatuda 100 °C. Halofiilsed arhed vajavad kõrget soolade kontsentratsiooni ning elavad ülisoolastes järvedes (näiteks Surnumeri), kus soolsus ulatub 300 promillini (maailmamere soolsus on 34...36 promilli).

Teatud arhesid, kes elavad inimese sooles ja toodavad seal metaani, nimetatakse metanogeenideks.

Klassifikatsioon ja määramine

Veel 20. sajandi alguses arvati, et kõik prokarüoodid on ühtne grupp organisme. Selline vaade oli tingitud klassifitseerimiseks kasutatavatest meetoditest. Organisme grupeeriti nende biokeemilisi, morfoloogilisi ja metaboliitseid omadusi uurides. Fülogeneetika arenedes hakati prokarüootide omavahelisi sugulussidemeid uurima nende geenijärjestusi võrreldes. 1977. aastal oli USA mikrobioloog Carl Woese esimene, kes klassifitseeris arhed eraldi rühmana. Tema pakkus välja ka uue süsteemi eluslooduse klassifitseerimiseks kolme domeeni: eukarüoodid, bakterid ja arhed. Tänaseks teatakse, et arhed on mitmekülgne grupp organisme, kes on levinud väga erinevates elukeskkondades.

Arhede ja üldiselt prokarüootide klassifitseerimine on kiiresti arenev ning vastuoluline valdkond. Süstemaatikud üritavad rühmitada arhesid, millel on sarnane struktuur ja ühised eellased. Selline süstematiseerimine põhineb suurel osal ribosomaalse RNA järjestustel. Enamik arhesid, mida on võimalik kultuuris kasvatada ning mis on hästi uuritud, kuuluvad ühte kahest peamisest hõimkonnastEuryarchaeota ja Crenarchaeota. Teiste hõimkondade osas ei ole hetkel konsensust.

Võimalikud hõimkonnad

Algupära ja evolutsioon

Esimesed leitud arvatavasti prokarüootsete rakkude fossiilid on peaaegu 3,5 miljardit aastat vanad. Kuna enamikul prokarüootidel pole eristuvat morfoloogiat, ei ole võimalik määrata, kas need rakud kuulusid arhedele. Selgemaid tõendeid on andnud keemilised fossiilid lipiididest, mis on iseloomulikud ainult arhedele.

Woese väitis, et bakterid, arhed ja eukarüoodid esindavad erinevaid sugupuid, mis lahknesid varakult ühisest eellasorganismide kolooniast.

Võrdlus teiste domeenidega

Järgnev tabel võrdleb kolme domeeni tähtsamaid omadusi.

OmadusArhedBakteridEukarüoodid
RakumembraanEetersidemetega lipiidid, pseudopeptidoglükaanidEstersidemetega lipiidid, peptidoglükaanidEstersidemetega lipiidid, erinevad struktuurid
GeenistruktuuridRõngaskromosoomidtranslatsioon ja transkriptsioon – sarnased eukarüootide omadegaRõngaskromosoomid, unikaalne translatsioon
ja transkriptsioon
Mitu lineaarset kromosoomi, transkriptsioon ja translatsioon – sarnased arhede omadega
Raku sisestruktuurPuuduvad membraaniga organellid ja tuumPuuduvad membraaniga organellid ja tuumMembraaniga organellid ja tuum
MetabolismErinevad, metanogenees neile unikaalneErinevad, sh fotosüntees, aeroobne ja anaeroobne hingamine, käärimine ja autotroofiaFotosüntees ja rakuhingamine
PaljunemineAseksuaalne paljunemine, horisontaalne geeniülekanneAseksuaalne paljunemine, horisontaalne geeniülekanneSeksuaalne ja aseksuaalne paljunemine


Arhed on lähemalt suguluses eukarüootidega, kuigi struktuurilt sarnanevad nad rohkem bakteritega. Enne arhede väljakujunemist lahknesid ühisest eellasest esmalt bakterid ja seejärel eukarüoodid. Membraaniga ümbritsetud tuum tekkis evolutsioonis hetkel, kui arhede ja eukarüootide eellane oli bakterite eellasest juba lahknenud. 

Ainult arhedele omane tunnus on rohke eeter-sidemetega lipiidide esinemine nende rakumembraanides. Samuti ei teata teisi organisme, kes toodaks metabolismi produktina metaani.

Morfoloogia

Arhed on tavaliselt kera-, pulga-, spiraali- või plaadikujulised. Nende tüüpiline läbimõõt on vahemikus 0,1 mikromeetrist (µm) kuni 15 µm. Tuvastatud on ka erilise kujuga arhesid. Üheks selliseks on liik Haloquadratum walsbyi, kelle rakud esinevad lamedate ruudukujuliste plaatidena. Arhede tsütoskeleti ehituse kohta teatakse võrdlemisi vähe. Mõned arhede liigid võivad moodustada agregaate või filamente, mille pikkus võib ulatuda 200 mikromeetrini. Sellised liigid on levinud biokiledes. 2001. aastal leiti Saksamaalt soost arhede kogukond, mis koosnes mitmest eri liigist.

Struktuur, koostis ja elutegevus

Arhede ja bakterite rakkudel on palju sarnasusi. Neil mõlemal puuduvad rakusisesed membraanid ja organellid. Tüüpiliselt ümbritseb nii bakteri kui ka arhe rakku rakukest ja nad kasutavad liikumiseks vibureid. Ehituselt on arhed kõige sarnasemad grampositiivsete bakteritega. Enamusel on ainult üks plasmamembraan ning puudub periplasmaatiline ruum. Arhe rakke eristab bakterirakust nende koostis.

Metabolism

Arhede seas on võimalik eristada kolme toitumistüüpi. Litotroofid kasutavad energiaallikana anorgaanilisi ühendeid, näiteks väävlit või ammoniaaki. Selle rühma ATP tootmise protsess sarnaneb eukarüootide mitokondrites toimuvaga.

Arhede hulgas ei toimu fotosünteesi, kuid mõned arhed on siiski võimelised energiaallikana kasutama päikesevalgust. Neid nimetatakse fototroofideks ning nad toodavad ATP-d päikesevalgusest.

Paljud metaboolsed rajad on iseloomulikud kõikidele elusorganismidele. See näitab ilmselt nii nende suurt efektiivsust kui ka varajast evolutsioonilist põlvnemist.

Arhede metaboliitsed toitumistüübid
ToitumistüüpEnergiaallikasSüsiniku allikasNäited
Fototroofpäikesevalgusorgaaniline materjalHalobacterium
Litotroofanorgaanilised ühendidorgaaniline materjal või
süsiniku sidumine atmosfäärist
FerroglobusMethanobacteria
ja Pyrolobus
Organotrooforgaanilised ühendidorgaaniline materjal või
süsiniku sidumine atmosfäärist
PyrococcusSulfolobus
ja Methanosarcinales

Suur hulk arhesid kasutab energiaallikana orgaanilisi komponente, neid nimetatakse organotroofideks. Nende orgaaniliste komponentide hulka kuuluvad näiteks alkoholidäädikhapesipelghape ja ammoniaak.

Mõned arhed, kes elavad anaeroobses keskkonnas, näiteks soodes, on metanogeenid. See tähendab, et nad toodavad elutegevuse tulemusena metaani. Metanogeene leidub ainult arhede hulgas.

Geneetika

Arhedel on tavaliselt üks rõngaskromosoom. Arhedes leidub ka plasmiide ehk väikseid iseseisvaid DNA ühikuid. Arhede füüsilise kontakti käigus võivad plasmiidid liikuda ühest rakust teise.

Arhesid võivad nakatada nii ühe- kui ka kaheahelalised DNA-viirused. Kaheahelalised viirused on täiesti iseseisev rühm viiruseid, millel on tihti omapärane kuju, sh pudelid, pisarad või konksuga vardad. Arhed erinevad geneetiliselt nii bakteritest kui ka eukarüootidest. Kuni 15% arhede genoomist on omane ainult arhedele. Ei teata aga suurema osa nende unikaalsete geenide ülesandeid. Enim on välja selgitatud metaani tootmisega seotud geenide funktsioone. Mõnda valku leidub igas eluslooduse domeenis. Need valgud on suures osas seotud transkriptsioonitranslatsiooni ja nukleotiidide metabolismiga.

Transkriptsioonil ja translatsioonil on ühiseid jooni nii vastavate bakteriaalsete kui ka eukarüootsete protsessidega. Arhede RNA polümeraas on väga sarnane eukarüootse vastega. Teised transkriptsioonifaktorid sarnanevad pigem bakterite omadega.

Paljunemine

Arhed paljunevad mittesuguliselt rakujagunemisefragmentatsiooni või pungumise teel. Meioosi ei toimu ning tekkinud tütarorganismid omavad vanemaga identset geneetilist materjali. Rakujagunemine toimub rakutsüklis. Esmalt toimub raku kromosoomi kahekordistumine, eralduvad kaks tütarkromosoomi ning rakk pooldub. Arhede paljunemises on sarnaseid jooni nii eukarüootide kui ka bakterite paljunemisega.

Erinevalt bakteritest ja eukarüootidest ei moodusta arhed spoore. Mõnedele liikidele on siiski omane osmootsele rõhule vastupidavate vormide esinemine.

Ökoloogia

Elukeskkonnad

Arhesid esineb väga mitmekülgsetes elukeskkondades. Arvatakse, et arhed moodustavad kuni 20% ookeani mikroobidest. Esimesed tuvastatud arhed olid ekstremofiilid. Mõned liigid võivad elutseda väga kuumades keskkondades, näiteks geisritesmustades suitsetajates ja nafta puurkaevudes. Arhed on levinud ka väga külmades paikades ning suure soolsusega ja tugevalt happelistes või aluselistes vetes. Hiljem on siiski leitud ka liike, kes elutsevad leebemates tingimustes, näiteks soodes, rabadeskanalisatsioonis, mullas ja loomade seedetraktis.[3] Ekstremofiilsed arhed jagatakse nelja füsioloogilisse rühma. Nendeks on soolalembesed, kuumalembesed, happelembesed ja aluselise keskkonna eelistajad. Esineb ka arhesid, kes kuuluvad mitmesse rühma.

Roll aineringes

Erinevad arhed töötavad oma elutegevuse tagajärjel ja keskkonnast olenevalt ümber mitmesuguseid keemilisi elemente. Nende hulka kuuluvad süsiniklämmastik, väävel. Osa arhede funktsioonidest on tähtsad ökosüsteemide normaalseks püsimiseks, kuid esineb ka arhede toodetud reostust.

Tähtsus tehnoloogias ja tööstuses

Molekulaarbioloogias on eriti kasulikuks osutunud ekstremofiilsed arhed, kellest eraldatud ensüümid on vastupidavad kõrgetele temperatuuridele ning äärmiselt happelistele või aluselistele keskkondadele. Selliseid ensüüme on kasutatud näiteks uue lihtsa ja kiire DNA kloonimise meetodi loomiseks. Kuumataluvad ensüümid võimaldavad toota väikese laktoosisisaldusega piima ja vadakut. Kuna arhede ensüümid on tihti vastupidavamad, on bakterite ja eukarüootide ensüümide struktuuri uurimiseks lihtsam kasutada arhedelt pärit vasteid. Biotehnoloogias kasutatakse lisaks ensüümidele ka organismide elutegevuse muid etappe. Metaani metaboliseerivad arhed osalevad reovee puhastamisel, kus nad toodavad anaeroobse seedimise tulemusena biogaasi. Arhedest on eraldatud ka uus klass antibiootikume. Arhede kasutamine biotehnoloogias on üsna vähe arenenud.