Traditsiooniliselt seostatakse reformatsiooni algust Martin Lutheri nimega ja kuupäevaliselt 31. oktoobriga 1517.
Eellugu
Kaheks tähtsamaks reformatsiooni eelkäijaks peetakse Jan Husi ja John Wycliffe’i. Jan Hus (1371–1415) oli Tšehhi radikaalne usujuht, kes kritiseeris katoliku kirikut ja saavutas suure populaarsuse lihtrahva seas. 1415. aasta Konstanzi kirikukogul mõisteti ta surma, kuid jätkus tema pooldajate ehk hussiitide liikumine. Hussiidid osutusid ähvardavaks jõuks ja kiriku jaoks ka ainsaks keskaegseks sektiks, millega tuli kompromiss leida. Vastastikuse sallivuse leping hussiitide ja roomakatoliku kiriku vahel sõlmiti viimaks Kuttenbergi religioonirahuga (1485). John Wycliffe (1320–1384) oli Oxfordi ülikooli teoloogiaprofessor, kes astus katoliku kirikus leviva pühakute kultuse ja patukustutuskirjade müügi vastu. Ta tunnistas kõrgeimaks usuliseks autoriteediks piiblit ning aitas kaasa selle tõlkimisele inglise keelde ja ilmumisele ühtse väljaandena.
14. sajandi kirikulõhes oli Euroopa jagunenud Rooma ja Avignoni paavsti toetajateks. Paavstitüli lõpetas küll Konstanzi kirikukogu (1414–1418), kuid see ei toonud sisulist lahendust teoloogilistele ja sotsiaalsetele pingetele.
Alates Occami Williamist oli katoliiklik skolastika olnud kriitika märklauaks. Rotterdami Erasmuse jt jutlustatud humanism mõistis hukka korruptsiooni kirikus ja tähtsustas moraali rituaali ees. Intellektuaalse antiklerikaalsuse ja humanistliku individualismiga kaasnes akadeemilise mõttevabaduse suurenemine. Äsja leiutatud trükikunst võimaldas ideede senisest palju kiiremat ja laiemat levikut. Kodanlike kihtide haridustaseme kasv õõnestas kiriku autoriteeti. Kodanlus taotles suuremat majandus- ja tegevusvabadust kui katoliiklik traditsioon võimaldas. Terava kriitika alla sattus kirikus leviv korruptsioon ning paavst Leo X algatatud indulgentside ehk patukustutuskirjade müük, et rahastada Püha Peetruse kiriku taastamist Vatikanis.
Usupuhastus Saksamaal
Saksa Rahvuse Püha Rooma keisririigi keiser Karl V, harras katoliiklane, kuigi paavsti suhtes kriitiline, nägi reformatsioonis ohtu. Keiser, kõrged kirikutegelased ja vürstid kogunesid 1521 Wormsi riigipäevale. Mõjukas Saksimaa kuurvürst (1486–1525) Friedrich III Tark nõudis Lutheri ärakuulamist enne tema hukkamõistmist. 17. aprillil 1521 astus Luther riigipäeva ette ja keeldus oma vaadetest taganemast. 25. mai 1521 Wormsi ediktiga pandi ta riigivande alla ja kuulutati lindpriiks. Peavarju leidis Luther Friedrichi juures Wartburgi linnuses, kus muude kirjutiste kõrval valmis piibli tõlge saksa keelde. Lutheri ustav kaaslane ja toetaja oli Philipp Melanchthon, keda tänu tema panusele rahvahariduse arendamisse on nimetatud Saksamaa õpetajaks. Lutheri kaitseks astusid välja Põhja-Saksamaa ilmalikud valitsejad, kes avaldasid 1529. aastal tema toetuseks keisrile protesti, millest ka kõigi reformaatorlike liikumiste üldnimetus protestandid.
Usupuhastus Šveitsis
Luther, Zwingli ja Calvin moodustasid nn magistraatliku reformatsiooni, millele vastandus radikaalne suund. Rahvastiku kasv ja väiksed tulud põhjustasid linnades vaeste kihtide rahulolematust. 1520. aastatest alates toimusid rahvarahutused mitmel pool Euroopas; tihti seostati neid refomatsiooniliikumisega. Saksamaal juhtis talurahvarahutusi Thomas Münzer. Kirikutes toimusid pildirüüstamised, radikaalsed anabaptistid astusid välja ilmalike valitsejate võimu vastu. Luther oli selliste rahvarahutuste suhtes väga kriitiline, sest sõltus tugevasti vürstide toetusest. Nii töötas ta välja oma õpetuse kahest kuningriigist.
1526. aastal, kasutades keisri eemalviimist, saavutasid Lutheri-meelsed vürstid Speyeri riigipäeval kompromissi aadli usuvabadusest – Saksa vürstid võisid valida, kas nad võtavad Lutheri õpetuse omaks või mitte. 1529. aastal korraldas aga keiser teise Speyeri riigipäeva, millel eelmine kokkulepe kuulutati tühiseks ja taastati Wormsi edikt. Luterlik vähemus protesteeris selle vastu ja sealt ongi tulnud protestantluse mõiste, mis on hiljem laienenud ka teistele katoliku kirikust eraldunud liikumistele.
1530 Augsburgi riigipäeval esitas Philipp Melanchthon Augsburgi usutunnistuse. Kuigi reformatsioon oli alanud katoliku kiriku uuendustaotlusena, oli tekkimas uus kirik. Paljudes kohtades säilis vaatamata luterliku teoloogia vastuvõtmisele siiski piiskoppide järglus ja apostellik suktsessioon.
1530. aastatest peale oli Saksa-Rooma riigis protestantide ja katoliiklaste kokkupõrkeid esinenud, kuid 1540. aastatel halvenesid suhted veelgi, jõudes lõpuks välja sõjani. 1547. aastal toimus keisri juhitavate katoliiklaste ja protestantliku Schmalkaldeni liiga vahel Mühlbergi lahing, milles keisri Karl V väed saavutasid võidu. Protestantlikud ideed olid (vaatamata Lutheri surmale aastal 1546) selleks ajaks aga juba liiga tugevalt levinud, et neid relvaga maha suruda. Sisesõjad jätkusid, kuni vananev ja haige keiser pidi 1555. aastal leppima Augsburgi usurahuga, mis tunnistas valitseja õigust määrata talle alluva rahva usk.
Trento kirikukogust (1545–1563) sai alguse Rooma organiseeritud püüdlus tõkestada protestantluse levikut nn vastureformatsiooniga, kuid Kolmekümneaastane sõda (1618–1648) tõi luterlikele ja protestantlikele piirkondadele lõpliku vabaduse.
Usupuhastus Inglismaal
1535. aastal määrati Cromwell Inglise kiriku viitseregendiks, kellena ta viis kahes järgus läbi kloostrite likvideerimise: 1536–1537 likvideeriti enamik väiksematest kloostritest ning 1539–1540 suleti ka kõik suuremad kloostrid. Cromwellile oli sealjuures abiks 1536–1537 Põhja-Inglismaal toimunud Pilgrimage of Grace, millest võtsid osa mitmed mungad. Pärast liikumise mahasurumist oli hõlpus süüdistada kõiki kloostritegelasi kirikuvastases tegevuses ja asuda kloostreid likvideerima. Tänu kirikuvarade konfiskeerimisele ja muudele majanduslikele reformidele kasvasid Inglismaa valitsuse tulud Cromwelli võimuajal märgatavalt. Inglismaal kiriku ja kloostrite varad riigistati, keelati indulgentside müük ja tehti lõpp pühakute säilmete austamisele. Jumalateenistusi hakati anglikaani kirikus pidama inglise keeles, õndsaks pidi saama ainult usu kaudu ja ainsaks usuliste tõdede allikaks loeti Piiblit. Jumalateenistuse korda muudeti Inglismaal vähe. Hiljem on anglikaani kirik kõikunud protestantluse ja katoliikluse vahel, saavutades tasakaalu Elizabeth I valitsusajal. Anglikaani kirik säilitas paljus katoliiklikud rituaalid, kuid 16.–17. sajandil toimus puritaanlik reform Inglismaa Kiriku sees ja eraldusid omakorda mõned reformitud uskkonnad.
Suunad
17. sajandi algul sündis Inglismaal kalvinismist lähtuv baptistide liikumine. 17. sajandi lõpul tekkisid Saksamaal pietism, mis rõhutas usuelu emotsionaalset külge, ning Inglismaal rangete moraalinõuetega kveekerite liikumine.
18. sajandi algul sai Saksamaalt alguse vennastekoguduste liikumine ja Inglismaalt metodism.
Tagajärjed
1540. aastal rajati Ignatius Loyola (1491–1556) eestvedamisel jesuiitide ordu, mille eesmärk oli katoliiklust tugevdada ja võidelda reformatsiooni vastu. Taasaktiveerus inkvisitsioon, et usuline teisitimõtlemine välja juurida. Hävitati ketserliku sisuga, "musta" nimekirja kantud raamatuid.
Euroopa erinevates piirkondades puhkesid ususõjad katoliiklaste ja protestantide vahel:
- Prantsusmaal Hugenotisõjad;
- Saksamaal, keisri sõda Schmalkaldeni liigaga;
- katoliikliku Hispaania sõda kalvinistliku Seitseteistkümne provintsiga (Kaheksakümneaastane sõda, ka Madalmaade vabadussõda (1568–1648) Hollandi Vabariigiga
- Kolmekümneaastane sõda (1618–1648)