Tartu Ülikooli ajaloo ja arheoloogia instituudis jagunevad Eesti ajaloo üldkursused järgnevalt: Eesti keskaeg (12.–16. sajand), Eesti varauusaeg (Liivi sõjast kuni 18. sajandi alguseni), Eesti uusaeg (1710–1900), Eesti uusim aeg (1900–1945), Eesti lähiajalugu (alates 1945).
Eesti varauusaja saab jagada mitmeti erinevateks perioodideks, kõige tugevamalt on esimesele perioodile (aastad 1561–1710/1721) ilmselt kinnistunud nimetus Rootsi aeg, aga on kasutatud ka nimetust sõdade ajastu või riikliku killustatuse aeg (Margus Laidre on välja pakkunud ka nimetust Liivimaa Saja-aastane sõda), mis hõlmab lühemat perioodi (1558–1625/1629/1645/1660). Sõdade ajastut ja Rootsi aega on kasutatud ka koos, üksteisele järgnevate perioodide tähenduses, sel juhul on kahe perioodi eraldusjooneks tavaliselt võetud 1629. aasta, mil Eesti mandriosa läks täielikult Rootsi võimu alla. Lõuna-Eestis võib aga eristada Poola aega (1561/1562–1625/1629) ja Saaremaal Taani aeg Saaremaal (1559–1645). Lisaks neile võib lisada veel ka Liivi sõja aegse Vene võimuperioodi (1558–1583).
Varauusaja teist poolt on tavaliselt nimetatud kas Vene ajaks või tsaariajaks (mis kestis 1917./1918. aastani, hõlmates seega ka Eesti uusaja).
16. sajand
Kahekümneviieaastane sõda
17. sajand
Rootsi Idamereprovintsid
- Poola-Rootsi sõda, mida võidakse omakorda jagada neljaks eraldi sõjaks: Poola-Rootsi sõda 1600–1611, (1617–1618) , (1621–1625), (1626–1629).
Liivimaa hertsogkond
Taani valdused Saaremaal
Vene-Rootsi sõda
18. sajand
- Põhjasõda
Kronoloogia
- 1570–1595, Kahekümneviieaastane sõda Eestis Rootsi kuningriigi – Moskva tsaaririigi ja Liivimaa kuninga Magnus hakkab koos suure Moskva Tsaaririigi sõjaväega piirama Tallinna. Hiljem tuleb piirajaile lisa.
- 1573 – Paide linnuse vallutamine, Koluvere lahing
- 1574 – Moskva tsaaririigi vägede rüüsteretk Eestimaale
- 1575 – Moskva tsaaririigi väed vallutasid Pärnu ja tegid rüüsteretke Saare-Lääne piiskopkonda.
- 1576 – moskoviidid rüüstasid Tallinna ümbrust
- 1577 – Tallinna ebaõnnestunud piiramine Johann IV poolt.
- 1579 – moskoviitide ja tatarlaste jõukude korduvad rüüsteretked Eestimaale.
- 1656–1658 – Rootsi-Moskoovia sõda; moskoviidid tungisid Eestimaale. Rüüstati maa idaosasid, Tartu- ja Võrumaad, riivates ka Valga-, Pärnu- ja Virumaad. Tartu kapituleerus ja jäi Moskoovia valdusse kuni 1661. aastani.
- 1700–1721 – Põhjasõda:
- 1700 – moskoviitide esimesed rüüstesalgad tungisid septembris Alutagusesse. Algul Narva piiramine moskoviitide poolt. Narva lahing 19. novembril.
- 1701 – Moskoovia väed tungisid Lõuna-Eestisse. Septembris toimusid lahingud Räpinas, Kasaritsal ja Rõuges. Kasakate, tatarlaste ja kalmõkkide rüüsteretked eriti Aluliina piirkonda.
- 1702 – põhjalik rüüstamine pärast Hummuli lahingut Pärnumaal, Tartumaal ja Mõniste piirkonnas.
- 1703 – tsaar Peeter I väejuhi Boriss Šeremetjevi rüüsteretk läbi Eestimaa; rüüstetegevusest jäävad enam-vähem puudutamata ainult Harjumaa, Läänemaa, Pärnumaa kesk- ja põhjapoolsed alad ja saared, seega vähemviljakad maaosad. Vangistatakse palju maavalla talupoegi, eriti arvukalt lapsi, saates neid Ukrainasse
- 1703/04 – moskoviitide korduvad rüüsteretked Narva ümbruskonda.
- 1704 – moskoviitide rüüsteretk Tartumaale:
- 1704. aasta jaanuaris tungisid moskoviidid piki Peipsi järve Tormasse, süütasid külad põlema ja võtsid kaasa palju inimesi.
- 1704 – Tartu alistus 13. juulil Moskoovia piiramisväele. Moskoviidid ei täida kapitulatsiooni tingimusi ega lase Tartu garnisonil siirduda Tallinna, nagu kokku lepitud.
- 1704 – Narva vallutamine moskoviitide poolt. Vallutamisele järgnes linna rüüstamine moskoovia sõdurite poolt tsaar Peetri enda juhiste kohaselt.
- 1707 – Moskoovia ratsaväe suurem rüüsteretk Põhja-Tartumaale, Põltsamaa, Puka, Sangaste ja Karula suunas. Põletatakse uuesti Valga.
- 1708 – Moskoovia väe uus suur rüüsteretk Liivimaale. Valgamaa laastatakse metsikult. Talud ja mõisad põletatakse. Vili põldudel tallatakse ja niidetakse maha.
- 1708 – Narva ja Tartu kodanikkond viidi Moskooviasse sundasumisele. Paljud surid. Osa pääses tagasi viis aastat hiljem. Tartu linn hävitatakse. Jäävad rüüstatud kujul ainult üksikud ehitised.
- 1709 – Pärnu vallutati moskoviitide poolt.
- 1710 – Tallinn kapituleerus moskoviitidele.
- 1710–1721 – Eestimaa tegelik kuulumine Moskva tsaaririigi alla.